Harmonic Self-Conditioned Flow Matching for Multi-Ligand Docking and Binding Site Design

要約

かなりの量のタンパク質の機能には、酵素触媒作用を含む小分子の結合が必要です。
このように、小分子の結合ポケットの設計には、薬物合成からエネルギー貯蔵に至るまで、いくつかの影響力のある用途があります。
この目標に向けて、私たちはまず、自己調整されたフローマッチング目標に基づいた 3D タンパク質-リガンド結合構造の改良された生成プロセスである HarmonicFlow を開発します。
FlowSite は、このフロー モデルを拡張して、タンパク質ポケットの個別の残基タイプと分子の結合 3D 構造を共同生成します。
HarmonicFlow が、ドッキングのための最先端の生成プロセスを簡素さ、汎用性、パフォーマンスの点で改善していることを示します。
この構造モデリングにより、FlowSite はベースラインのアプローチよりも大幅に優れた結合部位を設計し、結合部位設計のための最初の一般的なソリューションを提供します。

要約(オリジナル)

A significant amount of protein function requires binding small molecules, including enzymatic catalysis. As such, designing binding pockets for small molecules has several impactful applications ranging from drug synthesis to energy storage. Towards this goal, we first develop HarmonicFlow, an improved generative process over 3D protein-ligand binding structures based on our self-conditioned flow matching objective. FlowSite extends this flow model to jointly generate a protein pocket’s discrete residue types and the molecule’s binding 3D structure. We show that HarmonicFlow improves upon the state-of-the-art generative processes for docking in simplicity, generality, and performance. Enabled by this structure modeling, FlowSite designs binding sites substantially better than baseline approaches and provides the first general solution for binding site design.

arxiv情報

提供元, 利用サービス

arxiv.jp, Google