MotifBench: A standardized protein design benchmark for motif-scaffolding problems

要約

モチーフスコホルディングの問題は、計算タンパク質設計の中心的なタスクです。目的の生化学機能（モチーフ）を付与するために選択された形状の原子の座標を考えると、モチーフとモチーフを含む多様なタンパク質構造（足場）を識別することです。
そのジオメトリを維持します。
信頼性の高いタンパク質構造予測と固定結合骨シーケンスの設計方法による計算評価により、モチーフスコホルディングに関する最近の大幅な進歩がなされています。
ただし、出版物全体の評価戦略の大幅な変動は、結果の比較可能性、挑戦された再現性、および堅牢な進歩を妨げました。
これに応じて、（1）正確に指定されたパイプラインおよび評価メトリックを含むモチーフベンチ、（2）30のベンチマーク問題のコレクション、および（3）github.com/blt2114/motifbenchでのこのベンチマークとリーダーボードの実装を紹介します。
モチーフベンチテストのケースは、以前のベンチマークと比較してより困難であり、ソリューションが既知であるが、私たちの知る限り、最先端の方法がソリューションを特定できないタンパク質設計の問題が含まれています。

要約(オリジナル)

The motif-scaffolding problem is a central task in computational protein design: Given the coordinates of atoms in a geometry chosen to confer a desired biochemical function (a motif), the task is to identify diverse protein structures (scaffolds) that include the motif and maintain its geometry. Significant recent progress on motif-scaffolding has been made due to computational evaluation with reliable protein structure prediction and fixed-backbone sequence design methods. However, significant variability in evaluation strategies across publications has hindered comparability of results, challenged reproducibility, and impeded robust progress. In response we introduce MotifBench, comprising (1) a precisely specified pipeline and evaluation metrics, (2) a collection of 30 benchmark problems, and (3) an implementation of this benchmark and leaderboard at github.com/blt2114/MotifBench. The MotifBench test cases are more difficult compared to earlier benchmarks, and include protein design problems for which solutions are known but on which, to the best of our knowledge, state-of-the-art methods fail to identify any solution.

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