UniZyme: A Unified Protein Cleavage Site Predictor Enhanced with Enzyme Active-Site Knowledge

要約

酵素触媒タンパク質切断は、多くの生物学的機能に不可欠です。
切断部位の正確な予測は、医薬品開発、酵素設計、生物学的メカニズムのより深い理解など、さまざまな用途を促進できます。
ただし、ほとんどの既存のモデルは個々の酵素に限定されており、酵素の共有知識を無視し、新規酵素に一般化できます。
したがって、unizymeという名前の統一されたタンパク質切断部位予測子を導入します。これは、多様な酵素全体に一般化できます。
タンパク質切断部位予測の酵素エンコードを強化するために、Unizymeは、タンパク質分解酵素の活性サイト知識とともに、新規生化学的に基づいたモデルアーキテクチャを採用しています。
広範な実験では、単一酵素が、目に見えない酵素を含むさまざまなタンパク質分解酵素にわたって切断部位を予測する際に高い精度を達成することを示しています。
このコードは、https：//anonymous.4open.science/r/unizyme-4a67で入手できます。

要約(オリジナル)

Enzyme-catalyzed protein cleavage is essential for many biological functions. Accurate prediction of cleavage sites can facilitate various applications such as drug development, enzyme design, and a deeper understanding of biological mechanisms. However, most existing models are restricted to an individual enzyme, which neglects shared knowledge of enzymes and fails generalize to novel enzymes. Thus, we introduce a unified protein cleavage site predictor named UniZyme, which can generalize across diverse enzymes. To enhance the enzyme encoding for the protein cleavage site prediction, UniZyme employs a novel biochemically-informed model architecture along with active-site knowledge of proteolytic enzymes. Extensive experiments demonstrate that UniZyme achieves high accuracy in predicting cleavage sites across a range of proteolytic enzymes, including unseen enzymes. The code is available in https://anonymous.4open.science/r/UniZyme-4A67.

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