Bioinformatics Retrieval Augmentation Data (BRAD) Digital Assistant

要約

バイオインフォマティクス検索拡張データ (BRAD) デジタル アシスタントのプロトタイプを紹介します。
BRAD は、コード実行からオンライン検索まで、幅広いバイオインフォマティクス タスクを処理するツール スイートを統合します。
(1) 検索拡張生成 (RAG) による改善された質疑応答、(2) 複雑なソフトウェア パイプラインを実行および作成する BRAD の機能、(3) 個人およびチーム間でタスクを整理および分散する BRAD の機能を通じて、BRAD の機能を実証します。
エージェントの。
当社はバイオインフォマティクス ワークフローの自動化に BRAD を使用し、遺伝子濃縮やアーカイブの検索から自動コード生成やバイオマーカー同定パイプラインの実行に至るまでのタスクを実行します。
BRAD は、デジタル生物学実験の仮説生成とテストのための自己完結型ループによって駆動される研究室のデジタル ツインを開発するという最終目標に向けた一歩です。

要約(オリジナル)

We present a prototype for a Bioinformatics Retrieval Augmentation Data (BRAD) digital assistant. BRAD integrates a suite of tools to handle a wide range of bioinformatics tasks, from code execution to online search. We demonstrate BRAD’s capabilities through (1) improved question-and-answering with retrieval augmented generation (RAG), (2) BRAD’s ability to run and write complex software pipelines, and (3) BRAD’s ability to organize and distribute tasks across individual and teams of agents. We use BRAD for automation of bioinformatics workflows, performing tasks ranging from gene enrichment and searching the archive to automatic code generation and running biomarker identification pipelines. BRAD is a step toward the ultimate goal to develop a digital twin of laboratories driven by self-contained loops for hypothesis generation and testing of digital biology experiments.

arxiv情報

提供元, 利用サービス

arxiv.jp, Google