TIAViz: A Browser-based Visualization Tool for Computational Pathology Models

要約

デジタル病理学は、現代の医療システムにおいて大きな注目を集めています。
光学顕微鏡からデジタル画像へのこの移行は、診断、効率の向上、病理学者のワークフローへの AI ツールの統合の可能性をもたらします。
これの重要な側面は視覚化です。
デジタルパソロジーにおける機械学習 (ML) モデルの開発全体を通して、モデルの出力や予測から、モデルのトレーニングやテストに使用される基礎となる注釈や画像に至るまで、モデルを視覚化するための柔軟でオープンに利用可能なツールを用意することが重要です。
TIAToolbox に組み込まれた Python ベースの視覚化ツール TIAViz を導入します。これにより、グラフ、ヒートマップ、セグメンテーション、注釈、その他の WSI を含む、スライド画像全体にさまざまな情報を柔軟かつインタラクティブかつ完全にズーム可能なオーバーレイで表示できます。
UI はブラウザベースであり、ローカル、リモート マシン、またはサーバー上で使用して、公開されているデモを提供できます。
このツールはオープン ソースであり、https://github.com/TissueImageAnalytics/tiatoolbox から pip インストール (pip install tiatoolbox) および TIAToolbox の一部として conda 経由で入手できます。

要約(オリジナル)

Digital pathology has gained significant traction in modern healthcare systems. This shift from optical microscopes to digital imagery brings with it the potential for improved diagnosis, efficiency, and the integration of AI tools into the pathologists workflow. A critical aspect of this is visualization. Throughout the development of a machine learning (ML) model in digital pathology, it is crucial to have flexible, openly available tools to visualize models, from their outputs and predictions to the underlying annotations and images used to train or test a model. We introduce TIAViz, a Python-based visualization tool built into TIAToolbox which allows flexible, interactive, fully zoomable overlay of a wide variety of information onto whole slide images, including graphs, heatmaps, segmentations, annotations and other WSIs. The UI is browser-based, allowing use either locally, on a remote machine, or on a server to provide publicly available demos. This tool is open source and is made available at: https://github.com/TissueImageAnalytics/tiatoolbox and via pip installation (pip install tiatoolbox) and conda as part of TIAToolbox.

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